调整后的指挥部以市委书记为指挥长，市长、市委副书记、常务副市长为副指挥长，相关单位主要领导及三镇书记为成员的城乡清洁工程指挥部。指挥部下设办公室，机构根据整治的内容和需求进一步细化，由原来的四个组扩大成综合秘书组、市容市貌组、交通整治组、市场秩序组、广告整治组、小区管理组、闲置土地组、旅游景区组、宣传组、综合执法督查组等１０个工作组。为了保证有专人开展工作，该市还从各个部门抽调工作人员，并设立专门办公室，要求各组必须安排工作人员进驻办公室，每天按时集中到办公室上班。

　　指挥部调整后，指挥部将建立定期会议制度、联络员制度、定期汇报工作制度，定期检查制度、长效管理制度等五项制度，确保“城乡清洁工程”落到实处，并形成长效机制。